Recherche de COVID-19 par rt-PCR

03/05/2021

Délai de rendu. Notre objectif, résultat le jour même !

Notre laboratoire a mis en place une des plus importantes plateformes analytiques de Bourgogne Franche Comté avec une capacité maximale de 7000 à 8000 tests rt-PCR SARS-CoV-2 par 24h.
Notre organisation permet de rendre un résultat dans un délai inférieur à 24h suivant le prélèvement. Actuellement, plus de 90% des résultats vous sont transmis le jour même de votre prélèvement.

Prélèvement : nasopharyngé ou salive ?

Le prélèvement de référence est le prélèvement nasopharyngé qui offre la meilleure sensibilité sous réserve qu’il soit réalisé par un préleveur formé.

La recherche de SARS-CoV-2 sur salive est indiquée en cas de contre-indication au prélèvement nasopharyngé ou réservée aux campagnes de dépistage.
Le recueil sur salive perd en sensibilité. C’est-à-dire que la détection du virus est moins performante sur salive et qu’il y a un risque de faux négatif.

En règle générale, quel que soit le type de prélèvement, plus vous attendez à vous faire dépister après l’apparition des symptômes, plus le risque de faux négatif augmente.
Il est donc important de dépister dès l’apparition des signes cliniques.

Mon résultat : positif, négatif, variants, mutations … quèsaco ?

Positif ou négatif

Nous vous indiquons si vous êtes positif ou négatif au SARS-CoV-2.
En cas de positivité, vous devez respecter les mesures d’isolement et les dernières consignes en vigueur (durée d’isolement, contact tracing, etc.).
En cas de négativité, nous vous conseillons la prudence surtout si vous êtes symptomatiques. Dans ce cas, un faux négatif n’est pas à exclure et un nouveau prélèvement est conseillé.

Recherche des variants, des mutations pourquoi ?

Recherche des variants, des mutations pourquoi ?
Le patrimoine génétique du coronavirus, comme tous les virus, évolue par mutations. Certaines génèrent des souches de virus différentes du premier virus apparu fin 2019 à Wuhan. Ce sont ces nouvelles souches que l’on nomme des « variants ».

Certaines mutations sont sans importance. Mais d’autres peuvent soit augmenter la transmissibilité du virus (mutation N501Y par exemple) soit induire un échappement immunitaire (une moindre réponse aux vaccins et à notre système immunitaire en cas de réinfection, mutation E484K/Q par exemple).
Les mutations les plus à risque concernent celles codant pour la protéine S (spicule ou « Spike »). Cette protéine permet au virus de pénétrer dans nos cellules. Elle est l’une des cibles de notre système immunitaire et de certains vaccins.

La détection de ces mutations est importante pour maîtriser leur dissémination et permettre aux chercheurs de façonner leur vaccin selon l’apparition de nouveaux variants « à risque ».

Le centre national de référence (CNR) Virus des infections respiratoires (Institut Pasteur Paris et CHU Lyon) met à jour une classification des variants selon l’apparition de nouvelles mutations selon une classification internationale (OMS, CDC, etc.). Les variants sont classés en trois catégories :

  • Variant préoccupant, ou VOC (« variant of concern» en anglais)
  • Variant à suivre, ou VOI («variant under investigation» ou «variant of interest» en anglais)
  • Variant en cours d’évaluation, ou VUM (« variant under monitoring»)

Recherche des variants : criblage ou séquençage ?

La recherche de variant avec un test de PCR s’appelle un criblage. C’est un test d’orientation. Il a l’avantage d’être rapide mais il ne détecte que 2 à 3 mutations au maximum.
Le criblage est utilisé en première ligne et réalisé pour toute recherche de SARS-CoV-2 positive. C’est un examen de 1ère ligne mais l’examen de référence reste le séquençage.

Le séquençage permet de déterminer tout ou partie du patrimoine génétique du virus et donc de lister précisément toutes les mutations du virus séquencé. Il est indispensable pour détecter de nouveaux variants, de nouvelles mutations mais sa réalisation est complexe et réservée à quelques centres de référence.

Les premiers tests de criblage utilisés montrent leur limite face à l’apparition de nouvelles mutations et de nouveaux variants.
Nous suivons les recommandations et changeons de kit de criblage mi-mai. La nouvelle stratégie consiste à rechercher les mutations à risque.
Votre compte-rendu ne mentionnera donc plus d’origine géographique tel « variant anglais » mais la présence ou l’absence de telle ou telle mutation d’intérêt.
Début mai 2021, les mutations à dépister en priorité sont : E484K, E484Q et L452R.

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